โรงพยาบาลบ้านแพ้ว เริ่มก่อตั้ง เมื่อ พ.ศ. 2508 ซึ่งในสมัยนั้นชาวบ้านมีการรวมตัวกันทั้งบริจาคที่ดินสนับสนุนด้านกำลังทรัพย์ กำลังกายและกำลังใจในการก่อสร้างโรงพยาบาล บนพื้นที่ 9 ไร่ 1 งาน 80 ตารางวาผู้อำนวยการคนแรก คือ นายแพทย์สุมน แก้วปิ่นทอง ได้พัฒนาจนเป็น โรงพยาบาลชุมชน และโรงพยาบาลอำเภอ จากขนาด 10 เตียง เป็นขนาด 30 เตียงตามลำดับ ผู้อำนวยการคนต่อมา คือ นายแพทย์พงศธร สิริภานุพงษ์

     พ.ศ.2530 นายแพทย์วิทิต อรรถเวชกุล ได้ย้ายมาจาก จังหวัดอุตรดิตถ์มาดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการ จากนั้นใน พ.ศ. 2550 นายแพทย์สุรพงษ์ บุญประเสริฐ มาดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการ, พ.ศ.2558 นายแพทย์พรเทพ พงศ์ทวิกร ดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการ และในปัจจุบัน (เดือนธันวาคม 2566) คณะกรรมการบริหารโรงพยาบาลบ้านแพ้ว มีคำสั่งแต่งตั้งให้ แพทย์หญิงเสาวณีย์ เกิดดอนแฝก เป็นผู้อำนวยการโรงพยาบาลบ้านแพ้ว

     โรงพยาบาลบ้านแพ้วมีความเปลี่ยนแปลงพัฒนาอย่างต่อเนื่องทุกยุคทุกสมัย ทุกผู้อำนวยการ เนื่องจากชุมชนชาวบ้านแพ้วมีทุนทางสังคมที่ดี ในด้านการมีส่วนร่วมและการพัฒนา
     ในยุคที่มีการปฏิรูประบบราชการ พ.ศ.2540-2543 และมีวิกฤตเศรษฐกิจเกิดขึ้น รัฐบาลโดยกระทรวงสาธารณสุขมีนโยบายให้โรงพยาบาลบางแห่งเปลี่ยนเป็นโรงพยาบาลในกำกับของรัฐ เป็นการเปลี่ยนแปลงรูปแบบการบริหารจัดการ 22 มิ.ย. 2543 ได้แก้ไขชื่อโรงพยาบาลเป็น โรงพยาบาลบ้านแพ้ว (องค์การมหาชน) และวันที่ 1 ต.ค. 2543 พระราชกฤษฎีกามีผลบังคับใช้ในการออกนอกระบบของโรงพยาบาล